Structura actuală a facultăţii cuprinde trei departamente:
Departamentul I -Științe Tehnice și Științele Solului
Departamentul coordonează un program de studii de licență (Exploatarea mașinilor și instalațiilor pentru agricultură și industrie alimentară) și două programe masterale (Sisteme Tehnice pentru Producție și Procesare în Agricultură și Dezvoltare rurală). La nivel doctorat există 4 conducători de doctorat în domeniul agronomie.
Departamentul II - Cultura plantelor
Departamentul coordonează trei programe de studii de licență (Agricultură, Montanologie și Biologie) și cinci programe masterale (Agricultură Organică, Agricultură, Schimbări Climatice și Siguranţa Alimentelor, Biologie Aplicată, Managementul Resurselor Naturale și Agroturistice, și Protecţie și Expertizare Fitosanitară). La nivel doctorat exită 8 conducători de doctorat în domeniul agronomie.
Departamentul III - Ingineria și protecția mediului
Departamentul coordonează un program de studii de licență (Ingineria mediului) și un program de studii masterale (Protecţia Sistemelor Naturale și Antropice). La nivel doctorat exită 6 conducători de doctorat în domeniul agronomie.